En un futuro distante, la Alianza Galáctica de la Humanidad ha estado constantemente luchando por la supervivencia contra unos seres llamados “Hideauze”. Durante una intensa batalla, el joven teniente Ledo y su arma móvil humanoide Chamber son tragados por una distorsión del espacio-tiempo en el planeta Tierra. En este planeta inundado por los mares, las personas viven en flotas de gigantes buques. Ledo llega a uno de las flotas llamada Gargantia. Sin ningún conocimiento acerca de este planeta, historia o cultura, es forzado a vivir junto a Amy, quien sirve como repartidora abordo de Gargantia y le ayudara a adaptarse a una vida pacifica.
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